Sai thuế suất thuế GTGT năm 2009!

Anh chị ơi, đối với ngành dịch vụ vận tải thuế suất thuế GTGT là 10%, nhưng trong năm 2009 được giảm 50% thuế suất, còn 5%. Vậy mà trên hoá đơn GTGT đầu vào tháng 2 năm 2009 của công ty em vẫn thấy viết thuế suất 10%, và trong tháng 11 năm 2009 kế toán công ty lại xuất hoá đơn đầu ra cho dịch vụ vận tải (cụ thể là cước vận chuyển hàng hoá) với mức thuế suất là 10% rồi. Cả 2 trường hợp này đều đã kê khai thuế. Như vậy sai thuế suất mất rồi giờ phải làm sao anh chị ơi, liệu công ty có bị phạt không ạ?