Không bù trừ thuế GTGT

Mình có một thắc mắc như thế này (về thuế GTGT):
TK 1331
- SDĐK: 1.916.540 (1)
- SPS 2005: 227.654.068 (2)
- SDCK: 229.570.608 (3)=(1)+(2)
TK 3331
- SPS 2005: 153.575.877 (4)
Đến cuối năm 2005, sau khi bù trừ giữa 3331 và 1331 thì dư Nợ TK 1331 là 75.994.731 (= (3)-(4)), mình đã làm trong tờ khai tự quyết toán thuế GTGT như vậy.
Còn trên sổ kế toán thì mình vẫn để SDCK của TK 1331 là 229.570.608 và SDCK của TK 3331 là 153.575.877, và trên báo cáo tài chính mình cũng thể hiện 2 con số này, tức là mình đã không làm bút toán N3331/C1331: 153.575.877.
- Có người hướng dẫn mình là không nên làm bút toán N3331/C1331: 153.575.877. mà để khi thuế xuống kiểm tra chứng từ và quyết toán thì mới làm, vì chưa chắc những hoá đơn đầu vào 1331 là chi phí hợp lý. Như vậy có đúng không?

Anh chị nào có kinh nghiệm vấn đề này giải đáp giúp em !