Truy thu thuế GTGT do sử dụng hóa đơn của cty bỏ trốn.

tháng 8 năm 2007 cty em quyết toán thuế, cty bị truy thu khoản thuế GTGT đầu vào là 35.000.000đ do mua TSCĐ của cty bỏ trốn, tháng 10 năm 2007 cty em đã nộp khoản tiền trên. Nhưng khi kiểm tra sổ kế toán em thấy kế toán cũ của cty hạch toán: Nợ 421/Có 1332 35.000.000 và khi nộp tiền ht Nợ 338/Có 1111 35.000.000. Nên trên BCKQKD năm 2007 trên TK 338 có số dư nợ cuối kỳ là 35.000.000. Trên tờ khai thuế GTGT tháng 01/2008 kế toán ghi điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào được khấu trừ 35.000.000( trong khi đó đã ghi giảm số tiền 35.000.000 trong phần mềm kế toán trên TK 1332 từ tháng 10 năm 2007). Như vậy là hạch toán sai đúng không ạ. Cty vừa phải nộp số tiền 35.000.000 vừa phải ghi giảm trên TK 1332. Vậy anh chị cho em hỏi bây giờ em phải xử lý thế nào với khoản tiền dư nợ trên TK 338 ? số thuế GTGT đầu vào được KT đã ghi giảm trên TK 1332 có đúng không ạ, nếu sai thì phải xử lý ntn?
Em cảm ơn!