Về việc truy hồi khấu trừ thuế VAT.

Mình muốn được các bạn tham vấn trường hợp sau:
Tháng 7/08 Công ty A mua hàng của Cty B, có hợp đồng, Hóa đơn, thanh toán và giao nhận đầy đủ (Lưu ý là có giao nhận hàng hóa thực sự). Nay Chi cục thuế thông báo Cty A không được khấu trừ VAT lô hàng trên với lý do Cty B không kê khai thuế hóa đơn đã xuất cho Cty A. Cục thuế địa phương cũng như trang WEB của TCục thuế chưa có thông báo Cty B là DN bỏ trốn. Kể cảc các phương tiện thông tin đại chúng khác đều chưa có thông báo về vấn đề này.
Vậy Chi cục thuế sử lý vậy có đúng không? Cty A có bị truy hoàn không? Phương án sử lý vấn đề này?
Mong được các bạn tư vấn. Xin cảm ơn.