Thuế TNCN cho nhân viên TVthiết kế

Cho mình hỏi với, trường hợp công ty mình lương cố định theo tháng của nhân viên thiết kế nằm trong diện ko phải nộp thuế TNCN. Nhưng theo thoả thuận trong HĐLĐ ngoài lương cố định sẽ có thêm lương năng suất và lương tháng thứ 13 (coi như thưởng cuối năm). Nhưng lương năng suất còn phụ thuộc vào nghiệm thu khối lượng công việc hoàn thành do bên chủ đầu tư xác nhận khi 2 bên xác nhận khối lượng với nhau (thường làm vào cuối năm vì công trình kéo dài).
Vậy khi cuối năm giả sử sau khi nghiệm thu khối lượng tính toán giám đốc quyết định lương năng suất cho mỗi Nhân viên là 4.000.000đ/ tháng (12 tháng là 48.000.000đ) nhưng rõ ràng chỉ có thể ghi nhận vào thời điểm nghiệm thu klg công việc (thường là cuối năm). Như vậy cộng thu nhập theo tháng thì Nhân viên lại có mức lương trong diện chịu thuế TNCN nhưng những tháng đầu năm chưa xác định được.
Trong trường hợp này thì những tháng đầu năm nhân viên không phải đóng thuế TNCN phải ko? Nhưng cuối năm sau khi nhận khoản lương năng suất kia thì thuế TNCN sẽ tính như thế nào? và lúc đó mới đóng thuế TNCN cho những tháng đầu năm thì có bị phạt ko?