Quý 1 năm 2009 có một số hoá đơn mua vào >20tr đã thanh toán bằng tiền mặt nộp vào TK của bên bán và kê khai khấu trừ thuế

Ngày 20/3/2009 BTC và TCT đã ra công văn số 3046 hướng dẫn:
"2. Các chứng từ sau đây không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên theo quy định tại Thông tư số 129/2008/TT-BTC:
- Chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán.
- Chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành."

Công ty mình đã làm Tờ khai bổ sung, điều chỉnh, nộp thuế GTGT và tiền phạt nộp chậm vào NSNN.

Đến ngày 20/7/2009 BTC và TCT lại có công văn hướng dẫn:
"5. Đối với trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên trong thời gian từ ngày 01/01/2009 đến hết ngày 31/03/2009 có chứng từ chứng minh việc nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán hoặc có chứng từ chuyển tiền vào tài khoản bên bán được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào. "

Trườgn hợp này mình có nên khai KHBS để được khấu trừ thuế của các hoá đơn trên không? Nếu khai KHBS thì tiền phạt nộp chậm đã nộp xử lý thế nào?

Rất mong các bạn cho ý kiến!